من جهتها اتهمت تنظيمات المقاومة الفلسطينية حكومة شارون بالمسؤولية عن العملية، وقال مسؤولون في هذه التنظيمات "ان عملية الليلة تشكل ردا طبيعيا على جرائم حكومة الاحتلال ضد الفلسطينيين". وقال د. محمد الهندي (الجهاد الاسلامي)، "ان اسرائيل تتحمل المسؤولية عن العملية بسبب سلسلة الجرائم التي نفذتها خلال الاسابيع الاخيرة، منذ قرر الفلسطينيون اعلان الهدنة".
كما اعتبر اسماعيل ابو شنب، من قادة حماس، هذه العملية بمثابة "رد طبيعي على جرائم الاحتلال الاسرائيلي، وخرقه المتواصل للهدنة". واضاف ابو شنب: "لقد اوضح الفلسطينيون بأنهم سيحترمون الهدنة وقاموا بتجميد عملياتهم العسكرية، لكن اسرائيل واصلت سياستها العدوانية".
اما د. عبد العزيز الرنتيسي (حماس)، فقال ان العملية تثبت بأن الشعب الفلسطيني ليس عبدا، وانه لن يرفع راية الاستسلام.
ادعت الاذاعة الاسرائيلية، صباح الابعاء، ان مصدرا فلسطينيا ابلغها قرار رئيس الوزراء الفلسطيني، محمود عباس، وقف كل الاتصالات مع حركتي حماس والجهاد الاسلامي، و"محاربتهما لأنهما تلحقان الضرر ب مصالح الشعب الفلسطيني" على حد تعبير المتحدث.
وقال مسؤول أمني فلسطيني ان ابو مازن قرر قطع الاتصالات مع الجماعات الاسلامية بعد اجتماعات عقدها ليل الثلاثاء مع مسؤولي الأمن في أعقاب انفجار القدس "الذي هز وقف اطلاق النار المعلن منذ سبعة اسابيع و"خارطة الطريق" ..
وقال مسؤول أمن فلسطيني رفيع لرويترز "تقرر بعد هذه الاجتماعات ان توقف السلطة الفلسطينية كل أشكال الحوار مع حماس والجهاد الاسلامي" وقال انها تحملهما مسؤولية الاضرار بالمصالح القومية العليا للشعب الفلسطيني.
وأضاف المسؤول قوله ان السلطة الفلسطينية ستتخذ قريبا اجراءات أمنية ضد أعضاء حركتي المقاومة الاسلامية رئيس الوزراء الفلسطيني قد ادان، مساء الثلاثاء، العملية الانتحارية التي وقعت في القدس واسفرت عن مقتل 20 اسرائيليا، على الاقل، واصابة 136 اخرين، وحسب مصادر فلسطينية اوعز ابو مازن الى وزير الامن، محمد دحلان، العثور على المسؤولين عن العملية ومحاكمتهم، وكذلك التحقيق في الحادث فورا، لوضع حد لمثل هذه العمليات".
وجاء بيان ابو مازن هذا بعد اعلان رئيس الوزراء الاسرائيلي، اريئيل شارون، عن تجميد الاتصالات السياسية مع الفلسطينيني وتعليق كل الاجراءات و"التسهيلات" التي كان من المزمع القيام بها.
وقال عباس للصحفيين في غزة انه يعلن ادانته الشديدة لهذا العمل الفظيع الذي لا يخدم مصالح الشعب الفلسطيني على الاطلاق. وقال انه اعطى تعليماته لوزير الامن بإجراء تحقيق.
وابدى اسفه العميق لأسر الضحايا.
وكان عباس لدى وقوع الانفجار مجتمعا مع نشطاء الجهاد الاسلامي في لمحاولة لتعزيز الهدنة . وحذر عباس اسرائيل من الاجراءات الانتقامية.
وقال انه يتعين الانتظار والتحلي بالصبر لرؤية ردود الافعال مبديا امله في ان تتصرف اسرائيل بحكمة مشيرا الى ان الاجراءات الانتقامية لن تخدم عملية السلام
وكان من المفروض ان يعقد، الليلة الماضية، لقاء امني اسرائيلي فلسطيني، بمشاركة الحاج اسماعيل، قائد الامن الوطني في الضفة الغربية، والجنرال غيورا ايلاند، رئيس شعبة التخطيط في الجيش الاسرائيلي. لكنه تقرر الغاء هذا الاجتماع.
التعليقات