استهجن الدكتور موسى أبو مرزوق، نائب رئيس المكتب السياسي لحركة حماس زيارة الحبيب الجفري، وآلاف المسيحيين الأقباط لمدينة القدس المحتلة، واعتبر أنها "زيارة مفاجئة وغير مقبولة".
وقال أبو مرزوق على صفحته الرسمية على شبكة التواصل الجتماعي "الفيس بوك": "إن البابا شنودة منع المسيحيين المصريين من هذه الزيارة، ولم يمض على وفاته أربعون يوما بعد فلماذا الآن؟"
أما بالنسبة لزيارة الجفري فقال إن "أشواق الجعفري يشاركه بها مئات الملايين من المسلمين، فلماذا التعبير عن هذه الأشواق بهذه الزيارة".
واعتبر أن هذه الزيارة "تعني الاعتراف بالاحتلال، وتعني تطبيع العلاقات مع العدو وإعطائه شهادة أخلاقية"، كما أنها تشجع "السياسيات الاسرائيلية المانعة لأهلنا بالضفة والقطاع من الصلاة في المسجد الأقصى، وتزيد قوة الاقتصاد الاسرائيلي ".
ورد على من برر زيارته بزيارة الرسول– صلى الله عليه وسلم – لمكة، بقوله "إن سكان مكة هم أهلها وليسوا محتلين لها، وإذا كان هناك طرف يعترف بالكيان المحتل، فليس من المصلحة أن يعترف الجميع بهذا الكيان".
التعليقات